V souladu s Novelou zákona o vysokých školách přechází JAMU postupně ze stávajících studijních oborů na studijní programy se specializacemi. Po několik let tak budou souběžně studovat studenti ve studijních oborech, na které byli přijati a postupně budou přijímání studenti do již nově akreditovaných studijních programů a jejich specializací.
Obě fakulty, divadelní i hudební, uskutečňují tříleté bakalářské studijní programy a na ně navazující dvouleté magisterské studijní programy. Obě fakulty také nabízejí některé tzv. nenavazující magisterské studijní programy (čtyřleté nebo pětileté). Na obou fakultách lze pokračovat ve studiu ve čtyřletém doktorském studijním programu.
